琳达定居里约后，和丈夫图里奥去亚马逊丛林考察，意外发现了蓝金刚鹦鹉的羽毛，经过电视报道后，珠儿说服丈夫布鲁一起去帮助琳达寻找自己的同类——蓝金刚鹦鹉。然而一个有组织的非法砍伐的头领认为琳达和图里奥二人的行踪会妨碍自己的砍伐事业，于是命令手下人马前去阻止琳达和图里奥的科考行动。琳达和图里奥在考察时，发现那群人在砍伐树木，于是见义勇为，图里奥因被保护绳绊住而被盗伐者抓获，琳达逃跑。琳达回到考察站时也被抓住并和图里奥一起绑在一颗树上。另一方面，葵花凤头鹦鹉奈杰(在第一部中坠机后被送到了医院，医生救治了他，但他不会飞了。随后他被流落到亚马逊附近的小镇算命)为了复仇，也来到亚马逊丛林去找布鲁，与他同行的有对他产生疯狂爱慕的雌树蛙加比和沉默的食蚁兽查理，奈杰计划运用加比的毒液来对付布鲁。

　　蓝色斯皮克斯金刚鹦鹉布鲁和珠儿带着他们的三个鹦鹉宝宝以及GPS等随身装备来到亚马逊丛林，他们在此发现了濒临灭绝的族群，珠儿意外地与自己父亲重逢，三位宝宝也喜得外公。而布鲁一方面对能歌善舞的罗伯托与珠儿的关系感到不快，另一方面与这位始料未及的岳父大人爱德华多产生隔阂，原来爱德华多对人类充满敌意，绝不允许部落鹦鹉与人类有任何近距离接触。而布鲁很不适应这个丛林的生活，希望尽快回到里约。

　　布鲁为了讨得老婆珠儿的爱心，以及证明自己的能力，越过边界到了临近红金刚鹦鹉部落的领地采摘果实，因此惹下大祸。爱德华多率领部落人马与费利佩率领的部落人马采用七战四胜制、一种类似足球的游戏来一比输赢，赢家会获得此地果实的所有权。最后布鲁在第七局失手，踢了个乌龙球，因此受到部落的冷落。后来布鲁救了琳达和图里奥。看到大片林木被砍，布鲁和爱德华多决定率领丛林里的 动物们向盗伐者人类宣战。最终盗伐者都被赶跑，其头目也被一条蟒蛇吃进了肚子里。

　　但是部分树上仍然绑有炸药，布鲁去拆炸药，与奈杰打斗起来，他们从地上打到空中，此时炸药爆炸，他们被炸飞，然后掉到了树藤上，仍然继续打斗。奈杰在与布鲁打斗中，被加比的毒箭意外射中，奈杰以为自己身中剧毒，而加比则吞下自己的毒液打算殉情自尽，事后碧娅指出加比是没有毒的树蛙，奈杰和加比则被图里奥装进笼子里并计划送往里约，从此奈杰被加比一直纠缠下去。赶走盗伐者后，此地得到政府保护成为了国家野生动物保护区，而布鲁也适应了该地的生活习惯，决定和妻子儿女们共同在此生活下去。